化学反应网络的前向与后向互模拟
计算机科学中的逻辑
2015-07-16 v5
摘要
我们提出了基于常微分方程语义的化学反应网络(CRN)物种上的两种定量行为等价关系。前向CRN互模拟确定一个划分，其中每个等价类表示属于该类的物种浓度的精确和。后向CRN互模拟关联那些从相同初始条件出发在所有时间点具有完全相同解的物种。这两种概念仅利用CRN语法信息（即通过检查反应集合）即可检验。我们提供了一种统一算法，在多项式时间内计算到我们的互模拟的最粗精化。此外，我们给出计算由互模拟诱导的商CRN的算法。作为应用，我们在文献中若干生物过程模型上发现了显著的约简。在两种情况下，我们使得原本因其内存需求而难以处理的基准模型的分析成为可能。
引用
@article{arxiv.1507.00163,
title = {Forward and Backward Bisimulations for Chemical Reaction Networks},
author = {Luca Cardelli and Mirco Tribastone and Max Tschaikowski and Andrea Vandin},
journal= {arXiv preprint arXiv:1507.00163},
year = {2015}
}
备注
Extended version of the CONCUR 2015 paper