蛋白质亚结构与β-折叠拓扑
生物大分子
2021-11-30 v1
摘要
我们引入了一种新的、简化的蛋白质模型，称之为蛋白质亚结构（protein metastructure）。蛋白质的亚结构携带有关其二级结构和β-链构象的信息。此外，蛋白质亚结构使我们能够将一种称为胖图（fatgraph）的对象关联到蛋白质上，而胖图又产生一个拓扑曲面。因此，研究蛋白质的拓扑不变量成为可能。我们讨论了蛋白质亚结构与胖图之间的对应关系，以及如何从胖图计算拓扑不变量，例如亏格和边界分支数。然后我们描述了一种利用从蛋白质胖图拓扑中获得的信息生成可能候选亚结构的算法。该算法被进一步发展以预测蛋白质的β-折叠拓扑，并有可能与现有算法结合。我们在来自PDB的数据上演示了该算法，并通过与之结合改进了现有算法的性能。
引用
@article{arxiv.2111.14501,
title = {Topology of protein metastructure and $\beta$-sheet topology},
author = {Jørgen Ellegaard Andersen and Hiroyuki Fuji and Yuki Koyanagi},
journal= {arXiv preprint arXiv:2111.14501},
year = {2021}
}
备注
21 pages, 20 figures