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蛋白质的离散微分几何:一种编码蛋白质三维结构的新方法

组合数学 2007-05-23 v1 离散数学 度量几何 基因组学

摘要

在自然界中,蛋白质的三维结构编码于相应的基因中。本文描述一种将蛋白质三维结构编码为二进制序列的新方法。该方法的特征在于蛋白质折叠与“积分”之间的对应。蛋白质被近似为折叠四面体序列。蛋白质的二进制编码作为折叠四面体序列形状的“二阶导数”获得。借助此方法,我们可从基因提取蛋白质的静态结构信息,并能在无任何主观层次分类的情况下描述蛋白质三维结构的分布。

关键词

引用

@article{arxiv.math/0506082,
  title  = {Discrete differential geometry of proteins: a new method for encoding three-dimensional structures of proteins},
  author = {Naoto Morikawa},
  journal= {arXiv preprint arXiv:math/0506082},
  year   = {2007}
}

备注

10 pages, 6 figures, 3 tables. Submitted