四面体的离散微分几何与局部蛋白质结构编码
组合数学
2007-10-26 v1 计算几何
度量几何
生物大分子
摘要
局部蛋白质结构分析对蛋白质结构研究具有信息价值，并已成功应用于蛋白质结构预测等领域。蛋白质具有重复出现的结构特征，如螺旋帽和转角，这些特征通常具有强烈的氨基酸序列偏好性。局部结构分析的挑战在于识别和指派这些常见的短结构基序。本文提出了一种新的数学框架，可应用于蛋白质局部结构分析，该框架利用折叠四面体序列的微分几何来描述蛋白质主链的局部构象。利用该框架，我们无需任何结构模板即可捕捉重复出现的结构特征，这使得局部结构分析不仅更简单，而且更客观。相关程序和示例可从 http://www.genocript.com 获取。
引用
@article{arxiv.0710.4596,
title = {Discrete differential geometry of tetrahedrons and encoding of local protein structure},
author = {Naoto Morikawa},
journal= {arXiv preprint arXiv:0710.4596},
year = {2007}
}
备注
12 pages, 9 figures