通过结构空间镶嵌检测蛋白质中的重复和周期性
生物大分子
2013-06-13 v1
摘要
能量景观的概念为理解蛋白质折叠和功能的复杂性提供了概念工具。能量景观理论表明，当折叠结构是对称的时，更容易找到满足“最小挫折原理”的序列（Wolynes, P. G. Symmetry and the Energy Landscapes of Biomolecules. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14249-14255）。类似地，重复和结构镶嵌可能从根本上与具有多个嵌入漏斗的能量景观相关。在这里，我们提出了检测和比较蛋白质分子中结构重复的分析工具。通过使用稳健度量对结构重复分布进行详尽分析，我们定义了蛋白质分子中那些最能将整体结构描述为基本单元镶嵌的部分。这种镶嵌产生的模式提供了重复区域及其向更高阶排列关联的直观表示。我们发现一些蛋白质架构可以描述为近似周期性的，而其他架构中重复之间存在明显分隔。由于该方法独立于氨基酸序列信息，我们可以识别出可由多种不同氨基酸序列编码的结构单元。
引用
@article{arxiv.1306.2852,
title = {Detecting Repetitions and Periodicities in Proteins by Tiling the Structural Space},
author = {R. Gonzalo Parra and Rocío Espada and Ignacio E. Sánchez and Manfred J. Sippl and Diego U. Ferreiro},
journal= {arXiv preprint arXiv:1306.2852},
year = {2013}
}