基于折叠四面体序列二阶导数的蛋白质结构数序列表示
生物大分子
2007-05-23 v1 计算几何
离散数学
度量几何
摘要
本文提出一种基于四面体砖离散微分几何表征天然蛋白质结构的新数学方法。该方法按形状将蛋白质局部结构分类为有限类型，并可自动获得蛋白质结构的数序列表示。结果将使得客观量化氨基酸的结构偏好成为可能，且因该数序列无内部结构，可利用种类繁多的序列比对程序研究蛋白质结构。程序与带清晰插图的本文可从 http://www.genocript.com 获取。
引用
@article{arxiv.q-bio/0610017,
title = {Number sequence representation of protein structures based on the second derivative of a folded tetrahedron sequence},
author = {Naoto Morikawa},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0610017},
year = {2007}
}
备注
11 pages (2400 words + 3 figures + 4tables)