TorchProteinLibrary：一种计算高效且可微的蛋白质结构表示

从蛋白质序列预测其结构是分子生物学的基石任务。该领域中已有的方法，如同源建模与片段组装，似乎已触及极限。然而，今年出现了一些有前景的新方法：端到端蛋白质结构与动力学模型，以及应用于蛋白质折叠的强化学习。为了在更大规模上研究这些方法，需要对其关键计算原语进行高效实现。本文提出一个可微映射库，将两种标准的蛋白质结构二面角表示（全原子表示“$\phi,\psi,\omega,\chi$”与仅骨架表示“$\phi,\psi,\omega$”）映射到原子笛卡尔坐标。源代码与文档可在 https://github.com/lupoglaz/TorchProteinLibrary 获取。