导线与扩展梯模型预测 DNA 单体、二聚体和三聚体中的太赫兹振荡
生物物理
2016-11-03 v2
摘要
我们将 B-DNA 碱基对称为\textit{单体},并解析地和数值地研究了\textit{单体}、\textit{二聚体}和\textit{三聚体}中的电子或空穴振荡。我们采用了两种紧束缚 (TB) 方法:(I) 在碱基对层面,使用碱基对的在位能和连续碱基对之间的跳跃参数,即\textit{导线模型};(II) 在单碱基层面,使用碱基的在位能和相邻碱基之间的跳跃参数,具体包括 (a) 同一条链上两个连续碱基之间,(b) 定义碱基对的互补碱基之间,以及 (c) 连续碱基对中斜向位置的碱基之间,即\textit{扩展梯模型},因为它也包含了斜向跳跃 (c)。对于\textit{单体},使用 TB II,我们预测了频率 50-550 THz 的周期性载流子振荡。对于\textit{二聚体},使用 TB I,我们预测了频率 0.25-100 THz 的周期性载流子振荡。对于由相同单体组成的\textit{三聚体},使用 TB I,我们预测了频率 0.5-33 THz 的周期性载流子振荡。在其他情况下,无论是使用 TB I 还是 TB II,振荡可能不是严格的周期性,但傅里叶分析显示出相似的频率成分。对于二聚体和三聚体,TB I 和 TB II 的成功比较提供了振荡的互补方面。
引用
@article{arxiv.1609.00180,
title = {Wire and extended ladder model predict THz oscillations in DNA monomers, dimers and trimers},
author = {K. Lambropoulos and K. Kaklamanis and A. Morphis and M. Tassi and R. Lopp and G. Georgiadis and M. Theodorakou and M. Chatzieleftheriou and C. Simserides},
journal= {arXiv preprint arXiv:1609.00180},
year = {2016}
}
备注
32 pages, 10 + 5 = 15 figures