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DNA 二聚体、三聚体及聚合物中的电荷转移

生物物理 2014-07-01 v2 生物大分子

摘要

本文在碱基对层面描述了电子和空穴沿 DNA 二聚体、三聚体及聚合物的转移过程,使用了相关的碱基对位点能量和连续碱基对之间的跳跃参数。通过求解一个包含 NN 个耦合微分方程的方程组,确定了载流子沿长度为 NN 个碱基对的 DNA 片段的时空演化。计算了有用的物理量,包括纯平均载流子转移速率 kk、用于转移速率随电荷转移距离 d=N×d = N \times 3.4 {\AA} 变化的指数拟合 (k=k0exp(βd)k = k_0 \textrm{exp}(-\beta d)) 的逆衰减长度 β\beta,以及用于转移速率随单体数量 NN 变化的幂律拟合 (k=k0Nηk = k_0' N^{-\eta}) 的指数 η\eta。除其他外,还研究了沿聚合物 poly(dG)-poly(dC)、poly(dA)-poly(dT)、GCGCGC...、ATATAT... 的电子和空穴转移。β\beta (η\eta) 落在 \approx 0.2 - 2 {\AA}1^{-1} (1.7 - 17) 范围内,k0k_0 (k0k_0') 通常约为 10210^{-2}-10110^{-1} (10210^{-2}-10110^{-1}) PHz,尽管一般而言落在更宽的 104\approx 10^{-4}-10 (10410^{-4}-10310^3) PHz 范围内。将结果与过去的预测和实验进行了比较。我们的方法阐明了特定 DNA 片段在多大程度上可以作为电荷转移的有效介质。

关键词

引用

@article{arxiv.1312.6842,
  title  = {Charge transfer along DNA dimers, trimers and polymers},
  author = {Constantinos Simserides},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1312.6842},
  year   = {2014}
}

备注

7 pages, 4 figures, 4 tables, the "supporting material mentioned in v1" was already integrated with main text