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DNA 单体聚合物和二聚体聚合物中的无偏电荷振荡

生物物理 2015-09-30 v1

摘要

我们将 B-DNA 碱基对称为{\it 单体},并解析地和数值地考察了单体和二聚体聚合物(即由一个或两个单体组成的重复单元的周期序列)中的电子或空穴振荡。我们在碱基对层面采用紧束缚 (TB) 方法,以确定单个额外载流子沿 NN 个碱基对聚合物的时空演化。我们研究了 HOMO 和 LUMO 本征谱,以及在特定单体上发现载流子的时间平均概率。我们使用纯平均转移率 kk 来评估电荷转移的难易程度。计算了指数拟合 k(d)k(d) 的逆衰减长度 β\beta(其中 dd 是电荷转移距离)和幂律拟合 k(N)k(N) 的指数 η\eta;通常幂律拟合效果更好。我们说明了增加 TB 描述中涉及的不同参数数量会使 k(d)k(d)k(N)k(N) 的下降变得更陡峭,并展示了 β\betaη\eta 覆盖的范围。最后,对于时间无关和时间依赖的问题,我们分析了在特定单体上发现载流子的概率的{\it 回文性}和{\it 本征谱依赖度}。

关键词

引用

@article{arxiv.1504.02638,
  title  = {Unbiased charge oscillations in DNA monomer-polymers and dimer-polymers},
  author = {Konstantinos Lambropoulos and Maria Chatzieleftheriou and Andreas Morphis and Konstantinos Kaklamanis and Marina Theodorakou and Constantinos Simserides},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1504.02638},
  year   = {2015}
}

备注

17 pages, 10 figures