酶开放系统中的准稳态假设
定量方法
2011-03-08 v1
摘要
准稳态假设 (QSSA) 是为常用于模拟广泛细胞内现象的米氏动力学提供严格数学基础的关键。基于QSSA的分析的一个关键假设是，潜在的生化反应在酶学上是“封闭的”，即在相关时间段内，游离酶既不会加入也不会从反应中移除。然而，在活细胞中存在多种情况，此假设可能不成立，例如在遗传元件翻译或代谢调控事件期间。在此，我们考虑了最基本的酶催化反应的一个修正版本，该版本包含了酶的输入和移除。我们将QSSA扩展到这种酶学上“开放”的系统，计算其动力学的内部近似，并在广泛的动力学参数范围内比较了完整开放系统、我们的近似以及封闭系统的行为。我们还推导了我们的新近似可被证明有效的条件；数值模拟表明，即使这些条件不满足，我们的近似仍然相当准确。最后，我们研究了酶开放反应中出现阻尼振荡行为的可能性。
引用
@article{arxiv.1103.1200,
title = {The Quasi-Steady State Assumption in an Enzymatically Open System},
author = {Ed Reznik and Daniel Segre and William Erik Sherwood},
journal= {arXiv preprint arXiv:1103.1200},
year = {2011}
}
备注
28 pages, 12 figures