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耦合酶促反应网络的约化模型

数学物理 2015-03-17 v2 math.MP 分子网络

摘要

米氏方程在我们理解生化过程中发挥了核心作用。人们早已理解该方程如何近似不可逆酶促反应的动力学。然而,在反应产物可作为另一反应底物的网络中,类似的近似尚未得到充分发展。在此,我们严格推导了一类耦合酶促网络中的此类近似,其中单个相互作用属于米氏类型。我们证明了由Borghans、de Boer和Segel在单个蛋白质情形下得到的全准稳态假设(tQSSA)成立的充分条件,可以推广到一大类酶促网络中tQSSA成立的充分条件。其次,我们推导了仅涉及蛋白质浓度的约化方程,以近似网络动力学。这显著减少了对此类系统建模所需的方程数量。我们利用几何奇异摄动理论和矩阵微分结果证明了该近似的有效性。推导近似方程所用的思想相当通用,可用于系统化其他模型约化。

关键词

引用

@article{arxiv.1101.1104,
  title  = {Reduced models of networks of coupled enzymatic reactions},
  author = {Ajit Kumar and Krešimir Josić},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1101.1104},
  year   = {2015}
}

备注

44 pages, 4 figures