Poisson-Boltzmann 计算中边界组成的系统研究
生物物理
2007-11-27 v1
摘要
我们描述了一个三阶段程序，用于分析 Poisson-Boltzmann 计算对溶质与溶剂之间边界的形状、尺寸和几何结构的依赖性。我们的研究在边界元形式体系内进行，但我们的结果也对 Poisson-Boltzmann 计算的有限差分技术具有参考价值。首先，我们确定了离散化边界的几何单元的关键尺寸，从而确立了数值收敛所需的分辨率。在接下来的两个步骤中，我们使用极化连续介质模型 (Polarizable Continuum Model)、高水平密度泛函以及高质量基组，对一组不同构象的二肽进行了参考计算。随后，我们提出了一种定义适当边界几何结构的机制。最后，我们将经典的 Poisson-Boltzmann 描述与量子化学描述进行比较，旨在寻找合适的拟合参数以与参考数据紧密匹配。令人惊讶的是，当使用默认的 AMBER 部分电荷以及在初始两个阶段推导出的严格几何参数时，无需对部分电荷进行缩放，即可自动获得相对于参考集的最佳拟合。
引用
@article{arxiv.0711.4084,
title = {Systematic Study of the Boundary Composition in Poisson Boltzmann Calculations},
author = {P. Kar and Y. Wei and U. H. E. Hansmann and S. Hoefinger},
journal= {arXiv preprint arXiv:0711.4084},
year = {2007}
}