增强型 Poisson-Boltzmann 方法中的色散项及尺寸 - 电荷依赖性分析
生物物理
2007-11-28 v1 化学物理
摘要
我们实现了一个成熟的概念，即在蛋白质连续介质溶剂化的 Poisson-Boltzmann 方法中考虑色散效应。该理论框架特别适用于边界元方法。自由参数通过与实验数据以及高水平量子力学参考计算进行比较来确定。该方法具有通用性，且易于向多个方向扩展。该模型在各种化学物质上进行了测试，发现能在无明显引入偏差迹象的情况下产生高质量的溶剂化自由能估计。一旦优化完成，该模型便被应用于一系列蛋白质，并研究了蛋白质尺寸或部分电荷分配等因素。
引用
@article{arxiv.0711.4266,
title = {Dispersion Terms and Analysis of Size- Charge Dependence in an Enhanced Poisson Boltzmann Approach},
author = {Parimal Kar and Max Seel and Ulrich H. E. Hansmann and Siegfried Hoefinger},
journal= {arXiv preprint arXiv:0711.4266},
year = {2007}
}