SSW 库：用于基因组应用的 SIMD Smith-Waterman C/C++ 库
数值分析
2014-05-16 v2 偏微分方程分析
摘要
总结：Smith-Waterman (SW) 算法产生两条序列之间的最优成对比对，常被用作快速启发式读长比对和变异检测工具的关键组件，但目前的实现要么被设计为单体的蛋白质数据库搜索工具，要么被嵌入到其他工具中。为了便于将快速的单指令多数据流(Single Instruction Multiple Data, SIMD) SW 算法轻松集成到第三方软件中，我们编写了一个 C/C++ 库，它扩展了 Farrar 的条带式 SW (Striped SW, SSW)，除了最优 SW 得分外，还返回比对信息。可用性：SSW 既可作为 C/C++ 软件库使用，也可作为封装该库功能的独立比对工具使用，网址为 https://github.com/mengyao/Complete- Striped-Smith-Waterman-Library 联系方式：[email protected]
引用
@article{arxiv.1208.6349,
title = {Multi-level quasi-Monte Carlo finite element methods for a class of elliptic partial differential equations with random coefficients},
author = {Frances Y. Kuo and Christoph Schwab and Ian H. Sloan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1208.6349},
year = {2014}
}