均匀场 HP 模型、可设计性与蛋白构象中的 α-螺旋

C. T. Shih; Z. Y. Su; J. F. Gwan; H. C. Lee; B. L. Hao; C. H. Hsieh

doi:10.1103/PhysRevLett.84.386

均匀场 HP 模型、可设计性与蛋白构象中的 α-螺旋

软凝聚态物质 2009-10-31 v2 q-bio

作者: C. T. Shih , Z. Y. Su , J. F. Gwan , H. C. Lee , B. L. Hao , C. H. Hsieh

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摘要

分析了均匀场 HP 模型在二维格子上用于蛋白构象的几何性质, 结果显示具有大量在表面与核心之间来回转换的结构在蛋白质作为唯一基态时受到偏好. 与列于 Protein Data Bank 与 Dali Domain Dictionary 中的二进制肽序列与拼接二进制蛋白序列进行全局比较, 结果表明最高相关性发生在选择受偏好结构的模型肽与含有 α-螺旋的蛋白序列片段之间.

关键词

HP 模型蛋白构象 α-螺旋可设计性均匀场理论

引用

@article{arxiv.cond-mat/9812238,
  title  = {Mean-Field HP Model, Designability and Alpha-Helices in Protein Structures},
  author = {C. T. Shih and Z. Y. Su and J. F. Gwan and H. C. Lee and B. L. Hao and C. H. Hsieh},
  journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/9812238},
  year   = {2009}
}

备注

4 pages, 2 figures

均匀场 HP 模型、可设计性与蛋白构象中的 α-螺旋

摘要

关键词

引用

备注

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