蛋白质构象的格点模型

我们引入了一种蛋白质构象的格点模型，该模型能够重现蛋白质的二级结构（$\alpha$-螺旋和$\beta$-折叠）。该模型基于以下两个主要思想。首先，我们将肽链中氨基酸残基的主干部分建模为立方格点中不平行于坐标轴的边。其次，我们使用 Ramachandran 图的离散模型来描述氨基酸残基之间可能的接触。该模型能够描述肽链主干中残基之间的氢键。特别是，格点二级结构具有正确的氢键结构。我们还考虑了氨基酸残基的侧链及其相互作用。提出了一个包含肽链主干中氢键贡献和侧链相互作用贡献的格点蛋白质构象能量表达式。格点二级结构是所引入能量的局部极小值。