离网格模型中高度可设计蛋白背骨构象的涌现
软凝聚态物质
2016-08-31 v1 q-bio
摘要
尽管自然界中蛋白质的尺寸、形状和背骨构象呈现出多样性，但新型蛋白折叠的设计仍是开放问题。在简单格子模型中已证明，所有结构在设计上并不同样适用。相较之下，某些结构因具有异常高的可设计性而被区分：即这些结构所对应的氨基酸序列数目最多，且仅代表其唯一基态；与此类结构相关联的序列具有对突变的鲁棒性和热力学稳定性。本文报告在真实的离网格模型中也可发现高度可设计的背骨构象。通过鉴别 23 氨基酸链段的高度可设计构象，并发现其对模型参数 remarkably 不敏感。虽然部分构象与已知的天然蛋白折叠密切对应，如锌指纹和螺旋-折转-螺旋构象，但还有其他构象不类似于已知折叠，可能是新折叠设计的候选构象。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0109305,
title = {Emergence of highly-designable protein-backbone conformations in an off-lattice model},
author = {J. Miller and C. Zeng and N. S. Wingreen and C. Tang},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0109305},
year = {2016}
}
备注
7 figures