聚合物二级结构的五元格点模型
软凝聚态物质
2013-12-17 v2 生物物理
生物大分子
摘要
在格点蛋白质的标准方法中，使用基于最近邻相互作用的模型。在这类模型中，很难解释二级结构——即蛋白质链的特殊优先构象——的存在。本文提出了一种新的基于非局域合作相互作用的蛋白质格点模型。在该模型中，聚合物构象的能量等于长度为五的聚合物链片段构象的能量之和。结果表明，该五元格点模型能够在定性层面上描述蛋白质的二级结构：对于该模型，所有能量最低的构象都是 alpha 螺旋和 beta 折叠的格点模型的组合。此外，对于长度不超过 38 个单体的格点聚合物，我们能够描述所有能量最低的构象。
引用
@article{arxiv.1206.4424,
title = {Quinary lattice model of secondary structures of polymers},
author = {S. V. Kozyrev and I. V. Volovich},
journal= {arXiv preprint arXiv:1206.4424},
year = {2013}
}
备注
21 pages, 10 figures. Some discussion was added