寻找蛋白质结构的堆积单元
生物大分子
2011-09-14 v1 生物物理
摘要
晶格模型模拟和一些小蛋白质的实验表明，折叠基本上由少数保守接触控制。这些保守接触的残基构成了确保可折叠性所需的最小天然接触集合。考虑到这些保守的特异性接触，我们检查了由不同螺旋或片层的两个二级结构元件形成的接触，并寻找蛋白质结构中可能的“堆积单元”。以接触中 Cα 原子为中心、宽度为 5 的两个短主链片段称为 H 形，它作为堆积单元的候选。蛋白质家族成员甚至跨家族的结构比对表明，存在保守的 H 形，它们在序列和局部几何结构上都相似，并且与结构比对一致。携带强序列信号的此类堆积单元将为结构预测提供三维约束，作为势函数的补充。
引用
@article{arxiv.1109.2683,
title = {Looking for packing units of the protein structure},
author = {Wei-Mou Zheng and Hui Zeng and Dong-Bo Bu and Ming-Fu Shao and Ke-Song Liu and Chao Wang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1109.2683},
year = {2011}
}
备注
10 pages, 5 tables