蛋白质结构的可设计性：基于 Miyazawa-Jernigan 矩阵的晶格模型研究
统计力学
2007-05-23 v1 软凝聚态物质
生物大分子
摘要
我们研究了所有紧凑型 3x3x3 和 6x6 晶格蛋白结构的可设计性，使用 Miyazawa-Jernigan (MJ) 矩阵。结构的可设计性指的是能够设计出该结构的序列数量，即这些序列将该结构作为其唯一最低能态。先前的疏水-极 (HP) 模型研究显示了结构可设计性的广泛分布。最近，有人对 2 字母 (HP) 编码在此类研究中的使用提出了质疑。本文使用所有 20 种氨基酸，采用经验确定的相互作用势 (MJ 矩阵)，并与 HP 模型结果进行比较。我们发现两者在定性上具有良好的一致性。特别是，HP 模型中高度可设计的结构在 MJ 模型中也高度可设计——反之亦然——且这些序列具有增强的热力学稳定性。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0203481,
title = {The Designability of Protein Structures: A Lattice-Model Study using the Miyazawa-Jernigan Matrix},
author = {Hao Li and Chao Tang and Ned Wingreen},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0203481},
year = {2007}
}
备注
32 pages, 13 figures