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蛋白质折叠驱动力的本质——来自统计势分析的结果

统计力学 2009-10-28 v2 生物物理 生物大分子

摘要

在蛋白质结构分析的统计方法中,Miyazawa和Jernigan (MJ) 推导了一个描述不同类型氨基酸之间残基间接触能的 20×2020\times 20 矩阵。利用特征值分解方法,我们发现MJ矩阵可以精确地由其前两个主成分向量重构为 Mij=C0+C1(qi+qj)+C2qiqjM_{ij}=C_0+C_1(q_i+q_j)+C_2 q_i q_j,其中 CC 为常数,20个 qq 值与20种氨基酸相关。这种规律性源于疏水相互作用和一种去混合力,后者遵循Hildebrand的简单液体溶解度理论。

关键词

引用

@article{arxiv.cond-mat/9512111,
  title  = {Nature of Driving Force for Protein Folding -- A Result From Analyzing the Statistical Potential},
  author = {Hao Li and Chao Tang and Ned Wingreen},
  journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/9512111},
  year   = {2009}
}

备注

Revised version. 4 pages, Latex