基于条件概率相对于随机背景偏差的简化氨基酸字母表
生物物理
2009-11-07 v1 数据分析、统计与概率
q-bio
摘要
推导Miyazawa-Jernigan接触能或BLOSUM得分矩阵的基本数据由成对频率计数组成。每种氨基酸对应一个条件概率分布。基于此类条件概率相对于随机背景的偏差，提出了一种氨基酸字母表归约方案。观察到从Miyazawa-Jernigan和BLOSUM残基对计数的原始数据获得的归约字母表之间存在明显差异。以同源序列数据库SCOP40作为测试集，我们用获得的粗粒化替换矩阵检测同源性。验证了所获得的归约字母表很好地保留了原始20字母字母表中包含的信息。
引用
@article{arxiv.physics/0211031,
title = {Simplified amino acid alphabets based on deviation of conditional probability from random background},
author = {Xin Liu and Di Liu and Ji Qi and Wei-Mou Zheng},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0211031},
year = {2009}
}
备注
9 pages,3figures