基于经验氨基酸替换矩阵的位置依赖与独立进化模型
种群与进化
2007-05-23 v1 统计力学
基因组学
摘要
进化模型衡量在不同进化距离下发生氨基酸替换的概率。我们考察了基于经验推导的氨基酸替换矩阵的各种进化模型。这些模型使用PAM与BLOSUM氨基酸替换矩阵构建。我们通过将这些矩阵乘幂来重新缩放，以建模考虑不同进化距离的替换模式。我们还考察了考虑蛋白质序列上替换速率差异的模型。我们通过计算各模型在不同比对上的似然来比较这些模型。我们还给出一个具体示例，以说明使用不同模型估算进化距离时的细微差别。
引用
@article{arxiv.q-bio/0405016,
title = {Position Dependent and Independent Evolutionary Models Based on Empirical Amino Acid Substitution Matrices},
author = {B. Barbiellini and Alexandra Portnova and Anna Chetoukhina and Chia-Hsin Lu and Matteo Pellegrini},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0405016},
year = {2007}
}
备注
Paper presented at the Biological Language Conference November 20-21, 2003 University of Pittsburgh