利用自然序列变异的全局概率模型量化突变效应
生物大分子
2017-01-18 v1
摘要
现代生物医学面临预测遗传变异效应的挑战。对蛋白质点突变体的系统性功能分析提供了宝贵的经验信息，但序列空间的广阔区域仍未被探索。幸运的是，自然进化的突变-选择过程在自然蛋白质序列的多样性中记录了丰富的信息。在此，基于已成功用于确定蛋白质三维结构的相关氨基酸替换概率模型，我们提出了一种统计方法，利用一种统计能量即进化哈密顿量，来量化残基及其相互作用对蛋白质功能的贡献。我们发现，这些概率模型以合理的准确度预测了多种蛋白质的突变实验效应，特别是在选择压力类似于该蛋白质的进化压力（如抗生素）的情况下。
引用
@article{arxiv.1510.04612,
title = {Quantification of the effect of mutations using a global probability model of natural sequence variation},
author = {Thomas A. Hopf and John B. Ingraham and Frank J. Poelwijk and Michael Springer and Chris Sander and Debora S. Marks},
journal= {arXiv preprint arXiv:1510.04612},
year = {2017}
}