一种氨基酸替换的替代模型
生物大分子
2007-05-23 v2 种群与进化
摘要
同源蛋白序列对之间观察到的相关性通常用氨基酸替换的马尔可夫动力学来解释。该模型假设蛋白序列上每个位点具有相同的氨基酸背景分布，这一假设与观察到的蛋白氨基酸分布的异质性以及 Profile 多序列比对取得成功不相容。我们提出一种蛋白进化过程中氨基酸替换的替代模型，其基于如下假设：从一个残基到下一个残基的氨基酸背景分布的变化足以解释所观察到的同源物的序列相关性。所得到的从异质背景中抽取的独立替换的动力学模型简单且自洽，并为序列-序列、序列-Profile 和 Profile-Profile 比对提供了统一的同源性匹配分数。
引用
@article{arxiv.q-bio/0407032,
title = {An Alternative Model of Amino Acid Replacement},
author = {Gavin E. Crooks and Steven E. Brenner},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0407032},
year = {2007}
}
备注
Minor improvements. Added figure and references