基于熵方法的氨基酸字母表约简
生物物理
2007-05-23 v1 定量方法
摘要
推导 Miyazawa-Jernigan 接触能或 BLOSUM 得分矩阵的基础数据是配对频率计数。每种氨基酸对应一个分布。以两个概率分布的 Kullback-Leibler 距离作为相似系数，并将簇与混合总体相关联，我们基于频率计数数据对氨基酸进行聚类分析。此外，通过采用平均得分作为目标函数也得到了 Ward 聚类。引入一种顺序 cophenetic 以比较不同聚类方法的结果。
引用
@article{arxiv.physics/0106074,
title = {Entropic Approach for Reduction of Amino Acid Alphabets},
author = {Wei-Mou Zheng},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0106074},
year = {2007}
}
备注
6 pages, 1 figure, 6 tables