基于残基间接合势的蛋白质表示简化
软凝聚态物质
2007-05-23 v1 统计力学
q-bio
摘要
基于能量景观的概念、提出了残基简化相互作用矩阵与统计接触势矩阵之间的不匹配问题。对于 Miyazawa 和 Jernigan (MJ) 矩阵、研究在考虑局部极小值和残基间相关性统计的前提下、20 种残基的最小不匹配的合理分组。获得与不同分组数 N 相关的分层树结构、发现 N=8~10 附近存在一个平台、这可能代表蛋白质序列复杂度的基本自由度。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0010288,
title = {Simplification of protein representation from the contact potentials between residues},
author = {Jun Wang and Wei Wang},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0010288},
year = {2007}
}
备注
10 pages, 5 figures, submitted to PRL