在序列空间中沿能量景观徒步：通往优良折叠器的颠簸之路

借助一个简单的20字母晶格模型的杂多聚物，我们探讨了在设计良好折叠序列空间中的能量景观。低能序列在序列空间中形成簇，通过中性网络相互连接。哪些残基在链的折叠性和本体态稳定性方面起关键作用，甚至在属于不同簇的链中也高度保守。如果根据相互作用矩阵，某些强吸引相互作用几乎是退化的（即它们可以由多种氨基酸接触实现），则序列簇会组成少数几个超簇。属于不同超簇的序列在相似性上显示极小的（约10%）相似性，且关键位点的残基通常不保守。在对真实蛋白序列的分析中也观察到类似行为。