蛋白质折叠成功建模对势能精度的要求

蛋白质序列被认为经过选择，以提供所编码的独特空间折叠的稳定性以及可靠的复性。在最近提出的理论方案中，这种选择被建模为“最小挫折”或“最优能量”，即在所有可能序列中目标构象的能量最优，使得序列的“设计”受单体间相互作用支配。利用复制平均场理论，我们研究了在确定相互作用能量存在不可避免误差的情况下，即分别控制链设计和构象的相互作用集（矩阵）之间的差异，重建“设计”杂聚物的复性或冻结转变的可能性。我们发现，折叠到设计构象的可能性受设计和复性相互作用矩阵元素相关性的控制；与随机杂聚物不同，设计杂聚物的基态足够稳定，即使相互作用能量存在相当大的误差，仍应产生正确的复性。