整合谱系与动力学模型推断HIV表位的逃逸与回复率
种群与进化
2013-02-12 v3
摘要
逃逸率和回复率是决定HIV进化的关键因素，它们是对宿主免疫系统（特别是细胞毒性T淋巴细胞（CTL）反应）产生的选择压力的响应。现有的使用常微分方程（ODE）从横截面群体数据估计这些参数的方法忽略了采样HIV序列谱系的信息，这可能导致系统性偏差并高估确定性。在这里，我们描述了一种通过广泛模拟验证的集成方法，该方法结合了谱系推断和流行病学建模，以估计HIV表位中CTL逃逸和回复的速率。我们表明，从横截面数据中获得的病毒逃逸和回复率存在很大的不确定性，这源于进化过程中固有的随机性。通过应用于经验数据，我们发现先前发表的ODE模型和本文提出的集成方法得到的点估计值通常相似，但根据谱系结构的不同，也可能相差数倍。我们应用的基于模型的方法为群体数据中逃逸和回复的统计分析提供了一个框架，并强调了需要进行纵向和更密集的横截面采样，以便准确估计这些关键参数。
引用
@article{arxiv.1302.1098,
title = {Integrating genealogical and dynamical modelling to infer escape and reversion rates in HIV epitopes},
author = {Duncan Palmer and John Frater and Rodney Philips and Angela McLean and Gil McVean},
journal= {arXiv preprint arXiv:1302.1098},
year = {2013}
}