通过遗传更替审视HIV与免疫系统的相互作用
种群与进化
2022-07-27 v1
摘要
人类免疫缺陷病毒（HIV）的慢性感染产生了一个非常复杂的协同进化过程，其中病毒试图逃逸持续适应的宿主免疫系统。这一过程的定量细节在很大程度上未知，并可能有助于疾病治疗与疫苗开发。在此，我们研究了一个包含十名HIV感染者的纵向数据集，其中B细胞受体与病毒均进行了深度测序。我们关注简单的更替度量，其量化了病毒株组成与免疫组库在时间节点之间的变化程度。在单个患者层面，病毒-宿主更替率未显示出任何统计显著相关性，但若跨患者聚合信息则存在相关性。特别地，我们识别出一种反相关：病毒池组成的较大变化伴随B细胞受体组库的较小变化。该结果似乎与“病毒快速突变时免疫组库需随之改变以跟上”的朴素预期相矛盾。然而，我们表明所观察到的反相关自然涌现，并可用简单的群体遗传学模型加以理解。
引用
@article{arxiv.2207.12827,
title = {Inspecting the interaction between HIV and the immune system through genetic turnover},
author = {Andrea Mazzolini and Thierry Mora and Aleksandra M Walczak},
journal= {arXiv preprint arXiv:2207.12827},
year = {2022}
}