HIV患者体内进化的重组率与选择强度
种群与进化
2012-08-01 v1
摘要
HIV在感染慢性期的进化动态由宿主免疫应答和药物治疗施加的选择压力驱动。为了定量理解和建模HIV的进化，需要知道控制遗传多样化的参数和选择强度。虽然突变率可以在单个复制周期中测量，但相关的有效重组率取决于一个细胞被多于一种病毒共感染的概率，只能从群体数据推断。然而，大多数重组率的群体遗传估计量假设不存在选择，因此对HIV的适用性有限，因为正选择和纯化选择在HIV进化中很重要。在这里，我们根据追踪单个患者体内HIV进化的时间分辨序列数据，估计了重组率和选择系数的分布。通过检查群体遗传组成的时间变化，我们估计有效重组率为r=1.4e-5次重组每站点每代。此外，我们提供证据表明，至少15%的观察到的非同义多态性的选择系数超过每代0.8%。这些结果为更详细地理解HIV的进化提供了基础。一个特别有趣的案例是对药物治疗的进化响应，其中重组可以促进多种耐药突变的快速获得。利用这里开发的方法，一旦获得具有更高时间分辨率和更大样本量的数据，就可以进行更精确、更详细的研究。
引用
@article{arxiv.0912.2536,
title = {Recombination rate and selection strength in HIV intra-patient evolution},
author = {Richard A. Neher and Thomas Leitner},
journal= {arXiv preprint arXiv:0912.2536},
year = {2012}
}
备注
to appear in PLoS Computational Biology