现有遗传变异与 HIV 耐药性的进化

耐药性仍是 HIV 治疗面临的主要问题。耐药性可能源于治疗前已存在的突变，也可能源于治疗过程中发生的突变。这两种来源的相对重要性尚不清楚。我们研究了 HIV 耐药性可能进化的三种不同情境：开始三联药物疗法、单剂量奈韦拉平（nevirapine）治疗以及治疗中断。针对这三种情况，文献中均有良好的数据可供利用，使我们能够估算耐药性从现有遗传变异（standing genetic variation）进化而来的概率。我们发现，取决于治疗方案，因现有遗传变异导致耐药性进化的概率在 0% 到 39% 之间。对于开始三联联合疗法的患者，我们发现约 6% 的患者其耐药性是从现有遗传变异进化而来的。我们利用种群动力学和种群遗传学模型来理解这些观测结果并估算重要的进化参数。我们发现，治疗前病毒的有效种群大小以及治疗期间耐药突变体的适应度，是决定耐药性从现有遗传变异进化概率的关键参数。重要的是，临床数据表明这两个参数均可通过所采用的治疗类型进行调控。