干扰对 HIV 中 CD8+ T 细胞逃逸率的影响

在 HIV 感染早期，病毒种群会逃逸多种 CD8+ 细胞反应。逃逸突变出现得越晚，其超越竞争者的速度越慢，即逃逸率越低。这种模式可能表明 CD8+ 细胞反应强度正在减弱，或者后期的病毒逃逸突变携带更大的适应度代价。在本文中，我们研究了逃逸率递减的模式是否也可能由不同逃逸株之间的遗传干扰引起。为此，我们开发了一个包含随机效应、重组和突变的 HIV 动力学多表位数学模型。我们使用累积连锁不平衡度量来量化干扰程度。我们发现，在两位点系统中，近乎同步且强度相似的免疫反应会增强遗传干扰的产生。这种效应，结合感染初期密集的采样时间点，导致连续的逃逸率估计值递减，即使等位基因之间不存在选择差异。来自一名 HIV 感染患者的实验数据支持了这些预测。因此，干扰可以解释为何后期的逃逸较慢。孤立地考虑逃逸突变而忽略其遗传连锁，会掩盖潜在的单体型动力学，并影响对 CD8+ 细胞施加的选择压力的估计。在出现多种逃逸突变的系统中，应通过测量不同逃逸突变之间的连锁来评估干扰动力学的发生。