构建早期 HIV 和 SIV 感染中 CTL 逃逸率的下界
种群与进化
2013-08-01 v1
摘要
宿主内猿免疫缺陷病毒（SIV）的进化特征是反复发生针对细胞毒性 T 淋巴细胞（CTLs）反应的病毒逃逸。通常，首次此类 CTL 逃逸发生在几天之内，始于病毒载量达到峰值之时。许多作者开发了通过测量 CTL 逃逸发生率来量化 CTL 反应强度的方法，但这些方法通常依赖于两个或更多时间点的采样，而许多数据集仅在单个时间点捕捉到首次 CTL 逃逸的动态过程。在此，我们开发了适用于单时间点数据集的 CTL 逃逸率推断方法。通过早期感染动力学模型，我们构建了逃逸率的置信区间；但由于早期感染动力学尚未完全阐明，我们还开发了一种单侧置信区间，作为一系列早期感染模型中逃逸率的下界。我们将该方法应用于两个 SIV 数据集，利用我们的下界和现有方法表明，在首次 CTL 逃逸的最初几天内逃逸率相对较高，随后随着逃逸过程的进行降至较低水平。我们还比较了淋巴结和直肠黏膜中的逃逸情况，发现淋巴结中的逃逸最初较快，但随着首次逃逸的进行，淋巴结中的逃逸率降至低于直肠黏膜中观察到的速率。
引用
@article{arxiv.1307.8143,
title = {Constructing Lower-Bounds for CTL Escape Rates in Early HIV and SIV Infection},
author = {Sivan Leviyang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.8143},
year = {2013}
}