Longitudinal Antigenic Sequences and Sites from Intra-Host Evolution (LASSIE) 鉴定免疫选择的 HIV 变异株
种群与进化
2015-08-06 v2 定量方法
摘要
对随时间采集的样本进行宿主内基因测序，提供了病毒如何逃避免主免疫的动态视角。免疫驱动的突变可能通过选择适应免疫逃逸周期的抗体来刺激中和广度，从而产生受试者内的表位多样性。全面鉴定免疫逃逸突变在实验与计算上均具挑战性。在当前技术下，可轻易获得的病毒序列远多于可进行结合与中和测试的序列，使得向下筛选成为必要。通常这通过手动完成，即挑选代表系统发育树上不同时间点和分支的变异株。此类策略可能遗漏许多相关突变及突变组合，并对其他突变造成冗余。Longitudinal Antigenic Sequences and Sites from Intrahost Evolution (LASSIE) 利用传播奠基者丢失来识别疑似免疫选择下的病毒“热点”，并挑选代表所选位点中反复出现突变的序列。LASSIE 偏好突变出现的最早序列。利用特征明确的纵向 Env 序列，我们确认所选位点集中于抗体接触处，且所选序列代表了多样的抗原表型。实际应用包括快速识别受试者内选择压力下的免疫靶点、为表征演化抗体反应的免疫学检测挑选最小试剂集，以及用于多价“鸡尾酒”疫苗中的免疫原。
引用
@article{arxiv.1508.00463,
title = {Longitudinal Antigenic Sequences and Sites from Intra-Host Evolution (LASSIE) Identifies Immune-Selected HIV Variants},
author = {Peter Hraber and Bette Korber and Kshitij Wagh and Elena E. Giorgi and Tanmoy Bhattacharya and S. Gnanakaran and Alan S. Lapedes and Gerald H. Learn and Edward F. Kreider and Yingying Li and George M. Shaw and Beatrice H. Hahn and David C. Montefiori and S. Munir Alam and Mattia Bonsignori and M. Anthony Moody and Hua-Xin Liao and Feng Gao and Barton F. Haynes},
journal= {arXiv preprint arXiv:1508.00463},
year = {2015}
}
备注
73 pages, 10 figures, 8 supplemental figures; 18 full-resolution figures appear at the end of the manuscript. Presented at 22nd International Workshop on HIV Dynamics and Evolution, Budapest, May 2015