多样本癌症谱系的快速可扩展推断
计算工程、金融与科学
2014-12-31 v1 基因组学
摘要
体细胞变异可作为癌症演化系统发育重建的谱系标记。由于样本异质性使体细胞系统发育复杂化，癌症系统发育重建需要新颖专门的建树方法。我们提出 LICHeE（Lineage Inference for Cancer Heterogeneity and Evolution，癌症异质性与演化的谱系推断），一种从多个体细胞样本自动进行癌症进展系统发育推断的新方法。LICHeE 利用深度测序获得的 SSNV 的变异等位基因频率来重建多样本细胞谱系树，并推断样本的子克隆组成。LICHeE 已开源，可从 http://viq854.github.io/lichee 获取。
引用
@article{arxiv.1412.8574,
title = {Fast and Scalable Inference of Multi-Sample Cancer Lineages},
author = {Victoria Popic and Raheleh Salari and Iman Hajirasouliha and Dorna Kashef-Haghighi and Robert B. West and Serafim Batzoglou},
journal= {arXiv preprint arXiv:1412.8574},
year = {2014}
}