瘤内异质性的系统发育量化
定量方法
2015-06-16 v1 种群与进化
摘要
背景：瘤内异质性 (ITH) 是每个癌症内部持续进化变化的结果。遗传上不同的亚克隆群体的扩增可能解释了耐药性的出现，如果是这样，它将具有预后和预测效用。然而，客观量化 ITH 的方法一直缺失，并且在主要拷贝数变异导致准确系统发育重建困难的癌症中尤其难以建立，这是因为长级联基因组重排引起的水平依赖性造成了困难。结果：为应对这些挑战，我们提出了 MEDICC，这是一种基于瘤内拷贝数比较最小事件距离的系统发育重建和 ITH 量化方法。利用基于变换器的成对比较函数，我们确定了主要和次要等位基因的最佳定相以及样本间的进化距离，并能够重建祖先基因组。严格的模拟和广泛的临床研究显示了我们方法的威力，其在重建准确性方面优于最先进的竞争对手，此外还允许对 ITH 进行无偏数值量化。结论：准确的量化和进化推断对于理解 ITH 的功能后果至关重要。MEDICC 算法独立于所使用的实验技术，适用于下一代测序和阵列 CGH 数据。
引用
@article{arxiv.1306.1685,
title = {Phylogenetic quantification of intra-tumour heterogeneity},
author = {Roland F Schwarz and Anne Trinh and Botond Sipos and James D Brenton and Nick Goldman and Florian Markowetz},
journal= {arXiv preprint arXiv:1306.1685},
year = {2015}
}