HIV-1 演化中跨宿主种群与病毒亚型的 CTL 逃逸与回复的可预测模式
种群与进化
2015-11-05 v2
摘要
病毒进化逃逸与回复这两个孪生过程，为响应宿主免疫压力（特别是细胞毒性 T 淋巴细胞（CTL）反应），塑造了感染宿主种群中人类免疫缺陷病毒-1 的序列演化。已知 CTL 逃逸与回复的步调在给定的宿主种群中不同的 CTL 逃逸变体间存在差异。在此，我们提问：逃逸与回复的速率在感染的宿主种群间是否具有可比性？对于取自三大洲的三个队列，我们估计了在最优定义的 Gag 表位中 23 个逃逸位点的逃逸与回复速率。我们发现所考察队列间的逃逸速率估计一致。回复速率在加拿大与南非感染宿主种群之间也是一致的。某些产生巨大复制适应度代价的 Gag 逃逸变体已知在传播后迅速回复。然而，逃逸/回复速率与跨越大量表位的病毒复制能力之间的关系尚未被探究。我们通过考察具有最小变异的病毒序列的体外复制能力来研究这一关系：在实验室毒株中诱导的点逃逸突变体。令人惊讶的是，尽管存在由著名表位中逃逸路径所例示的上位效应的复杂性，以及宿主与病毒的多样性，快速逃逸的 CTL 逃逸突变体往往是在作为单点突变应用时具有最高复制能力的那些。类似地，对病毒复制能力诱导最大代价的突变体往往回复更快。这些数据表明 Gag 中的逃逸速率在宿主种群间是一致的，且一般而言这些速率由对病毒复制能力的位点特异性效应所主导。
引用
@article{arxiv.1506.01731,
title = {Predictable patterns of CTL escape and reversion across host populations and viral subtypes in HIV-1 evolution},
author = {Duncan S. Palmer and Emily Adland and John A. Frater and Philip J. R. Goulder and Thumbi Ndung'u and Philippa C. Matthews and Rodney E. Phillips and Roger Shapiro and Gil McVean and Angela R. McLean},
journal= {arXiv preprint arXiv:1506.01731},
year = {2015}
}