动态网络中同质性建模及其在 HIV 分子监测中的应用
基因组学
2022-01-13 v1 统计方法学
摘要
本文描述了一种建模同质性（即共享（或差异于）某些属性的节点相互连接倾向）的新方法；我们考虑节点可随时间添加但不可移除的动态网络。我们的应用是针对已被用于研究 HIV 传播动态的 HIV 基因连锁分析。在此背景下，若来自不同 HIV 感染者（PWH）的两个 HIV 序列之间的遗传距离小于给定阈值，则称其连锁。这种连锁表明代表这两名感染者的 PWH 的节点在传播网络中彼此接近；此种接近意味着要么其中一名感染者直接将病毒传播给另一名，要么通过少量中间者间接传播。这些病毒遗传连锁网络是动态的，因为随时间推移，一组或一簇遗传连锁的病毒序列可能随着簇内人员直接或通过中间者感染新的人而增大规模。我们的方法利用逻辑模型来描述关于人口统计学与行为特征的同质性，即我们研究 PWH 间这些特征的相似性（或差异）是否影响其序列连锁的概率。此类分析提供关于人群中 HIV 传播动态的信息。
引用
@article{arxiv.2201.04231,
title = {Modeling Homophily in Dynamic Networks with Application to HIV Molecular Surveillance},
author = {V. DeGruttola and M. Nakazawa and J. Liu and X. Tu and S. Little and S. Mehta},
journal= {arXiv preprint arXiv:2201.04231},
year = {2022}
}