从复杂动力学中识别简单反应坐标
统计力学
2017-03-08 v3 生物大分子
定量方法
摘要
反应坐标广泛用于化学物理中以建模和理解复杂化学转化。我们引入自然反应坐标的定义，适用于凝聚相和生物分子系统，作为最大可预测的一维投影。然后我们证明该准则由与系综动力学相关的积分算子的主导本征函数唯一满足。我们提出这些本征函数的新的稀疏估计器，其可以搜索结构序参数的大型候选池，并构建仅使用少量这些序参数的简单、可解释的近似。小分子旋转动力学以及蛋白质构象变化和折叠的模拟的示例应用表明，该方法可以过滤统计噪声，从复杂动力学中识别简单反应坐标。
引用
@article{arxiv.1602.08776,
title = {Identification of simple reaction coordinates from complex dynamics},
author = {Robert T. McGibbon and Brooke E. Husic and Vijay S. Pande},
journal= {arXiv preprint arXiv:1602.08776},
year = {2017}
}
备注
18 pages, 10 figures