基于位置线性判别分析的构象转变反应坐标
化学物理
2023-05-29 v1 统计力学
摘要
本工作中，我们证明对生物分子两种不同状态中的原子位置应用线性判别分析（LDA）可产生该两状态间的良好反应坐标。大分子的原子坐标是对其构型的直接表示，然而由于缺乏转动与平移不变性，它们尚未被用于增强采样研究。我们利用先前工作的技术解决了这一问题：将分子构型视为大小与形状空间中等价类的一员，该空间是所有可被平移与旋转至单一分子状态特征参考多元高斯分布内的构型集合。结果表明，对位置应用 LDA 所得反应坐标既是表征长分子动力学（MD）模拟中系统两状态间转变的良好坐标，也是利用增强采样 MD 技术沿该反应坐标便捷给出自由能估计的良好坐标。
引用
@article{arxiv.2301.03479,
title = {Reaction Coordinates for Conformational Transitions using Linear Discriminant Analysis on Positions},
author = {Subarna Sasmal and Martin McCullagh and Glen M. Hocky},
journal= {arXiv preprint arXiv:2301.03479},
year = {2023}
}
备注
11 pages, 5 figures (plus 2 SI pages and 3 SI figures)