揭示分子动力学中罕见事件的原子尺度机制
化学物理
2026-02-27 v1
摘要
可解释的反应坐标对于理解分子动力学中的罕见构象转换至关重要。AMORE-MD（Atomistic Mechanism Of Rare Events in Molecular Dynamics）框架通过无需预先知识地获取集体变量、通路或终点，来增强深学习反应坐标的可解释性。AMORE-MD 使用 ISOKANN 算法学习表示主导缓慢过程的神经成员函数 ，从而将转换通路重建为沿 梯度的最小能量路径，并通过基于梯度的灵敏度分析对原子贡献进行量化。迭代增强抽样进一步丰富转换区域，提高罕见事件的覆盖范围，使我们能够在默尔布朗势能、阿尔纳林二肽和弹性源于谷氨酸六肽 VGVAPG 中恢复已知机制和在原子分辨率下的化学可解释结构重排。
引用
@article{arxiv.2511.15514,
title = {Revealing the Atomistic Mechanism of Rare Events in Molecular Dynamics},
author = {Jakob J. Kresse and Alexander Sikorski and Marcus Weber},
journal= {arXiv preprint arXiv:2511.15514},
year = {2026}
}