基于转移路径投影动力学的最优反应坐标与动力学速率
统计力学
2023-10-30 v1 计算物理
摘要
寻找最优反应坐标并预测活化过程的准确动力学速率是分子模拟的两大首要挑战。我们引入一种同时解决这两个问题的算法：从数量有限的活性分子动力学轨迹（转移路径）出发，利用蒙特卡洛方法自动生成一系列不同的反应坐标，使其投影有效动力学的动力学速率逐步降低。基于变分原理，最小速率精确逼近精确速率，且对应于最优反应坐标。在解析双势阱系统上基准测试该方法后，我们将其应用于复杂原子系统：水中不同尺寸碳纳米颗粒的相互作用。
引用
@article{arxiv.2302.12497,
title = {Optimal reaction coordinates and kinetic rates from the projected dynamics of transition paths},
author = {Line Mouaffac and Karen Palacio-Rodriguez and Fabio Pietrucci},
journal= {arXiv preprint arXiv:2302.12497},
year = {2023}
}
备注
19 pages, 10 figures