反应坐标是能量流动的最优通道
生物物理
2024-09-02 v1 化学物理
摘要
反应坐标是控制蛋白质功能过程（如变构、酶促反应和构象变化）的少数关键坐标。它们对于理解蛋白质功能至关重要，并为蛋白质构象变化和状态提供最优的增强采样。自20世纪90年代末的开创性工作以来，识别正确且可客观证明的RCs一直是分子生物物理学和化学物理学的一个核心课题。本综述总结了过去25年间在识别RCs方面的主要进展，重点关注旨在寻找满足严格committer准则（被广泛认为是真实RCs）的RCs的方法。重要的是，新开发的基于物理的能量流动理论和广义功泛函方法为识别真实RCs提供了一种通用且严格的途径，揭示了其作为生物分子中能量流动最优通道的物理本质。
关键词
引用
@article{arxiv.2408.17086,
title = {Reaction Coordinates are Optimal Channels of Energy Flow},
author = {Ao Ma and Huiyu Li},
journal= {arXiv preprint arXiv:2408.17086},
year = {2024}
}