作为 pH 函数转变速率的高效估计
化学物理
2023-07-11 v1
摘要
提取其动力学依赖于与之交换能量和原子的环境 pH 的系统的动力学性质，需要对巨正则系综采样。作为替代，我们提出一种新策略，仅需模拟构成巨正则系综的最频繁出现的正则系综。这些模拟通过重加权估计特定 pH 值的巨正则分布，并通过平方根近似和鲁棒 Perron 簇聚类分析离散化 Fokker-Planck 方程来构造转变速率矩阵。作为应用，我们研究了三肽 Ala-Asp-Ala。
引用
@article{arxiv.2307.04439,
title = {Efficient Estimation of Transition Rates as Functions of pH},
author = {Luca Donati and Marcus Weber},
journal= {arXiv preprint arXiv:2307.04439},
year = {2023}
}