转录-翻译网络的动力学

基因调控网络定性模型的理论已发展数十年，通常考虑转录因子直接调控其他转录因子的表达，无任何中间变量。此处我们探索一类显式包含转录和翻译的模型，跟踪mRNA和蛋白质浓度。我们主要处理陡峭S形或阶跃函数的转录调控函数，正如常在仅蛋白质模型中做的那样，尽管翻译由线性项支配。我们将仅蛋白质理论的许多方面扩展到这一新背景，包括不动点性质、通过切换点间映射描述轨迹、通过状态转移图定性分析、以及负反馈环周期轨道的一个结果。我们发现虽然在切换域中的奇异行为大体上避免，但在阶跃函数极限中仍可能出现解的非唯一性。