突变-选择平衡下模型基因调控网络中关键相互作用的分布
分子网络
2013-05-29 v2 统计力学
摘要
基因调控网络通常具有低入度，即任何给定基因只受网络中少数基因的调控。它们也倾向于具有广泛的出度分布。什么机制可能导致这些度分布？从转录因子与 DNA 结合的公认框架出发，我们考虑一个简单的基因调控动力学模型。在那里，我们表明，对目标表达模式的选择导致了与选择约束兼容的最小连接性的出现。因此，这些基因网络具有低入度，并且“功能性”是简约的，即集中在稀疏数量的相互作用上，例如通过它们的关键性来衡量。此外，我们发现转录因子的突变驱动网络具有广泛的出度。最后，这些模型类别是可进化的，即在突变-选择平衡下，显著不同的基因型可以逐渐出现。
引用
@article{arxiv.1003.5135,
title = {Distribution of essential interactions in model gene regulatory networks under mutation-selection balance},
author = {Z. Burda and A. Krzywicki and O. C. Martin and M. Zagorski},
journal= {arXiv preprint arXiv:1003.5135},
year = {2013}
}
备注
12 pages, 7 figures, references, comments an 1 figure added