基于转录因子的基因调控网络的自发自组装

我们利用一种基于内容的网络模型对酵母的转录因子调控网络进行建模，该模型模拟了对基因调控区域上结合基序的识别。在输入酵母基因组参数（特别是启动子区域内由“结合序列”编码的信息分布）后，我们得以忠实再现酵母基因调控网络的诸多拓扑特征。通过将模型网络的k-core分析与酵母的相应分析进行比较，确定了启动子区域的长度分布。我们的结果强烈指向这样一种可能：所观察到的拓扑特征是以特定长度分布的随机字符串间序列匹配形成的网络的共性。